Se agregaron 18 especies endémicas de Chiapas a la Lista Roja de Especies Amenazadas de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN). La pérdida del hábitat es la constante en los motivos de situación de riesgo.
De las 18 especies, 10 pertenecen al reino Plantae y ocho al Animalia: seis se encuentran en peligro de extinción, cuatro en estado vulnerable, seis en menor preocupación, y de dos no se tienen datos suficientes. Estas 18 especies se agregan a las 300 amenazadas y en peligro de extinción en la entidad.
En peligro de extinción
Dentro de las más destacadas está el popoyote (Tlaloc hildebrandi), el cual habita en los mantos acuíferos de la zona Altos, siendo el crecimiento urbano la causa de su baja poblacional; situación similar a la de la rana ladrona o enana chiapaneca (Craugastor montanus) de la zona Frailesca, con una población cada vez más disminuida.
Entre las plantas en peligro están el frijol de monte (Phaseolus chiapasanus), la Gonzalagunia chiapasensis, la Alchornea chiapasana y la nuez de catalota (Calatola laevigata), todas en riesgo por la pérdida de su hábitat por la tala y ganadería.
Vulnerables
Las especies en estado vulnerable del reino Animalia son: el bagre chiapaneco (Lacantunia enigmática), que habita en los humedales interiores de la Selva Lacandona, el cual no cuenta con un manejo de conservación y posee una población severamente fragmentada. Las tortugas de barro chiapanecas (Kinosternon abaxillare), también con una disminución continua de individuos maduros por la disminución de su hábitat.
Los vulnerables del reino Plantae son la baba (Gyrocarpus mocinoi) y el bojo maja copjo (Coussapoa oligocéfala), ambas especies afectadas por la continua disminución del hábitat, debido también a la ganadería y tala desmesurada de árboles.
Menor preocupación
El pez cola de espada de Chiapas (Xiphophorus alvarezi), de la Selva Lacandona, entró a la lista debido a la introducción de mojarras en algunos mantos acuíferos; y la culebra de tierra chiapaneca (Cancellatus de Geophis), de la región del volcán Tacaná, por la pérdida de su hábitat.
Las planta comúnmente llamada pasilla (Viburnum elatum), el Oecopetalum mexicanum, el granadillo (Agonandra obtusifolia) y el Solanum chiapasense, se adhirieron a la lista por la disminución del área de vida y la duración de su regeneración.
De la región Norte y De los Bosques, destacó la entrada a la lista del lagarto caiman arboreo (Abronia ochoterenai) y los cíclidos de Chiapas (Thorichthys socolofi), ambos debido a la disminución de la extensión de su territorio y por encontrarse afuera de las áreas naturales protegidas.